到了重慶的第二天，往北碚縉雲山，住漢藏教理院，與法尊、法舫、塵空、雪松等法師共住，“最初的一年半中(二十七年七月到二十八年底)， 法尊法師給我很多的法益。他是河北人，沒有受過近代教育，記憶力與理解力非常強。留學西藏並不太久，而翻譯貢獻最大的，是他。在虛大師門下， 於教義有深廣了解的，也是他。我為他新譯的《密宗道次第廣論》潤文，遇到文字不能了解的，就去問他。黃教對密乘的見解與密乘的特質，我因此而多少了解一點。 他應我的請求，翻譯了龍樹的《七十空性論》。他將《大毘婆沙論》譯為藏文(沒有完成)，我每晚與他共讀論文，有什麼疑難，就共同來推究。我們經常作法義的探討， 我假設問題以引起他的見解;有時爭論不下，最後以「夜深了，睡吧」而結束。這樣的論辨，使我有了更多與更深的理解。深受老莊影響的中國空宗──三論宗， 我從此對它不再重視。……我出家以來，對佛法而能給予影響的，虛大師(文字的)而外，就是法尊法師(討論的)，法尊法師是我修學中的殊勝因緣！” (「華雨香雲」頁二三、二四)民國二十九年(34歲)往貴陽住大覺精舍，只是自修，寫《唯識學探源》，年底回漢院過年。至此，導師開始進入了認真的較有體系的寫作， 思想的主要特徵也逐漸明白的表示出來。回到了漢院，見到從香港來漢院旁聽的演培、妙欽與文慧。(民國)三十年(36歲)為他們講《攝大乘論》， “秋天，演培約了幾位同學，到合江法王寺，辦法王學院，請我去當導師。(按:導師之稱呼所由來，至今導師仍受四眾弟子尊稱印順導師)……三十三年(39歲)夏天， 三年圓滿，我才又回到漢院。在這一期間，又見到了光宗、續明、了參他們。在四川(二十七年至三十五年)，我有最殊勝的因緣:見到了法尊法師，遇到了幾位學友。 對我的思想，對我未來的一切，都有最重要的意義!我那時，似乎從來沒有離了病，但除了不得已而睡幾天以外，又從來沒有離了修學，不斷的講說，不斷的寫作。 病，成了常態，也就不再重視病。法喜與為法的願力，支持我勝過了奄奄欲息的病態。(「華雨香雲」頁二四、二五)抗戰勝利後，導師與演培、妙欽經西北公路到寶雞， 再沿隴海路東下，從重慶出發，離開了值得懷念的漢院，與光宗、了參相別，他們準備去錫蘭深造。到了西安，受康寄遙居士的招待，在佛學社、寄園住了幾天， 移住城南的大興善寺。瞻禮羅什塔，“等於一所鄉村小廟，想起逍遙園時代的盛況，都不盡有無常之感。我們去瞻仰興教寺，大慈恩寺等古剎。……隋唐佛教的光輝， 在這裏已完全消失了!”(「華雨香雲」頁三二)經洛陽、鄭州，到開封，經過一個多月的辛苦，導師病倒了，只能留在這裏養病，演培與妙欽先南下。 在開封住到1946年7月，才經鄭州南下到了武昌，至民國三十六年(1947年,42歲)正月回到上海，在玉佛寺禮見虛大師後到杭州探演培與妙欽，想不到竟與虛大師永別了， “我折了幾枝靈峰的梅花，與大家一起到上海，奉梅花為最後的供養。”(「華雨香雲」頁三五)“三十六年與三十七年，我都回過普陀山，那只是為了禮見先師。 普陀山一切都變了，閱藏樓也變了，其實京、滬、杭一帶的佛教都變了，變得面目全非。一切都變了，有一切無從說起的感覺” (同上)民國三十七年十月(1948年43歲)離開杭州到廈門，隨喜由性願老法師在南普陀寺舉行的傳戒法會，後隨性老到泉州至年底再回廈門。 “一過新年，三十八年(44歲)正月，京滬的形勢緊張，我就住了下來。隨緣辦了一所「大覺講社」，演培、續明也都約到廈門來。到了六月，漳州、泉州一帶， 戰雲密布，我就與續明、常覺、廣範、傳乂，離開了廈門，到達香港”(「華雨香雲」頁三九)在香港生活由民國三十八年至四十一年(1949至1952年)導師先後於 各道場宏法並不斷撰寫文章及出版著作，直至民國四十一年秋(1952年)到台灣，總結這段時期，“從入川到來台，共有十四年。這是國家動亂多難的十四年!而我， 是身體最虛弱(曾虛脫三次)，生活最清苦，行止最不定，而也是寫作最勤，講說最多的十四年。”(「遊心法海六十年」頁一零)