2006年度「唯識思想課程」結業文黃衛明
建立種子的背景
業力存在的形式
眾生所造的業已成過去，這業怎樣感生果報？雖然部派佛教解釋眾生形體已盡，業力存在，但業力不隨形而盡，又以什麼方式存在？如果業力以顯現方法存在，眾生便應感覺得到，但是實際又不是如此，所以業力以顯現方式存在是不合理的。
業力不是以顯現方式，那麼一定是以隱藏方式存在，而業力是感生果報的功能，這已差不多有種子的意思。
部派佛教對業力問題的解答
說一切有部世友論師用「無表色」來解答業力的流轉，他說眾生造業時，會激發一種將來必能感果報的叫「無表色」，它雖然是無形無象的，但實有法體存在，可是此說仍不能解決存在何處和為什麼不會和其他眾生混亂問題。
經量部的學者建立有種子義的「色心互持種子」色法種子為心法之所攝持，心法種子為色法之所攝持，此一說法比說一切有部嚴密，但仍不能解答色法斷滅後如何護持種子和如何把心法種子傳於來世。
瑜伽行派建立種子學說，解說了業力傳遞問題
彌勒菩薩在《瑜伽師地論》中建立種子七義，無著論師造《攝大乘論》將七義合併為六義，於是種子說圓滿成立，現行諸法斷滅後，餘勢便熏習在第八識中，成為種子，故各眾生的業力不會混亂而又可得到下一生，對於諸行緣起因果流轉亦可以說明通達，業力問題可解說圓滿。
種子的定義
《成唯識論》中「此中何法名為種子？謂本識中親生自果功能差別。此識及所生果，不一不異，體用、因果、理應爾故。」唯識學者說眾生的阿頼耶識，含藏無盡潛能，名為種子，這些種子成為生起宇宙一切的不同功能，無論色法，心法都是從頼耶的潛能──種子開發出來的，就是所有事物的因緣條件。
種子是以獨自唯一的方式存在，每一種子都有自身的特質和法規，具有井然的秩序，藏在阿頼耶識中，是為潛能，當因緣俱備時，種子就由隱藏而顯現成為實在的事物，這過程稱為「現行」。
唯識學假立種子
種子和阿賴耶識是不一不異的，無量種子的功能是藏於賴耶的體而現起，是賴耶的相分；而賴耶的見分有滙集攝持種子的功用，這樣就成為一個生之不盡的生命之流。
唯識學在世俗諦中假立種子名相，解釋宇宙人生的存在，種子是實法，因為它有體有用，依他起的。種子學說是為說明現象生起的因緣和本質，不是另有一實體稱為種子。
種子六義
種子顯示事物潛藏的狀況，由潛藏轉為具體事物有一定的因緣條件，雖然種子不能立刻成為現行狀況，但種子也有自己的活動規律，這種規律名為「種子七義」《瑜伽師地論》或「六義」《攝大乘論》只有具備所有以下六項條件才可稱為種子。正如《攝大乘論》頌：「剎那滅俱有，恆隨轉應知，決定待眾緣，唯能引自果。」
剎那滅
種子剎那生滅，種子雖有實體，但非恆常、不變，而是剎那生、滅，每一種子的自體，才生無間即滅，即生與滅同一剎那，不是常住，常住是不能生果的。有生滅，就可分析到每一剎那生滅，因此，每一種子的自體皆是剎那剎那前滅後生相續不斷。
果俱有
種子之生現行，不是種子先滅而現行後生起，而是種子正當生滅轉變之分位，眾緣皆備，則能為因生現行果，所以種子與果俱同時存在。
恆隨轉
種子前滅後生，相似相續，在剎那滅去後，不是滅已即斷，而是馬上轉生成另一新種子，前滅後生，自類相生，持續不斷。
決定性
種子決定生起同性現行果，現行果亦決定熏生，同性種子，種子隨其熏，因力之善惡性各別決定，善種決定善現行，惡種決定惡現行，絶不混亂，保証因果規律。
待眾緣
種子要待眾緣和合方生現行，種子雖是主要因素，要待眾緣具備，因緣和合才可生起現行。
引自果
種子只能引生相同性質的現行之果，如色法種子只能生色法之果，心法種子只能生心法之果。
種子依德性分為有漏及無漏兩種：
有漏種子
有漏種子是有漏阿賴耶識所攝持的，凡夫的一切活動必與煩惱相結合，所熏成種子帶有雜染性，名為「有漏種子」。「有漏種子」遇緣而生「有漏現行」，有漏種子乃第八識相分，為賴耶所攝持，以第八識為所依體，種子為能依，離賴耶無別體。
有漏種子的性類
有漏種子有善、惡、無記三性，是依現行後作用說，若未起現行，則是無覆無記，其是有漏阿賴耶識所攝持，所以隨著有漏賴耶（第八識）無覆無記。從種子能熏因能生自果上說為善、惡，或無記，但在賴耶中，因種子隱而未現故無善惡可言。
有漏種子分二類：名言種子和業種子
名言種子
名言種子是依世俗名言而熏習生長，所以叫「名言種子」。名言種子又分為三類：表義名言習氣，顯境名言習氣，和我執習氣。（習氣是種子別名，習是熏習、氣是氣分，雖無形相，但有勢用，由現行熏習，得此氣分，故名習氣。）
表義名言習氣
表義名言習氣就依第六意識獨有語言，名言概念熏成名言種子，語言、文字、註表境相。
顯境名言習氣
顯境名言習氣是能了別境的前七識心，心所，當見分緣外境時，一方面熏生見分種子於賴耶，別一方面，又熏彼相分種子於賴耶裏，叫顯境名言習氣。
我執習氣
末那識和意識執有客觀實在的我，法所熏生的種子名為我執習氣，眾生經過無數世的虛妄熏習，形成根深蒂固的執見，末那識執賴耶識為我，意識計諸法為我所，由此二我所執熏成種子，令諸眾生自他差別，而我執有二：俱生我執是先天已有的，分別我執是後天培養養的。
業種子
業種子是前六識造作善惡業後熏習成善、不善性的業種子，於賴耶中，又名有支習氣。「有支習氣」的「有」是「三有」，即欲有、色有和無色有，支是因義，有支習氣（業種子）是三有之因，及善惡趣差別之因。
業種子所感之果是異熟果，故業種子又稱異熟習氣。因業種子是異熟果之因，故業種子能支配異熟果生於善或惡趣。異熟習氣（業種子）是指能招引「異熟果」的增上緣的種子，異熟就是善惡之因，引生總別二報的無記果，異熟習氣的體是第六識相應的思心所之種子，思心所種子能令心、心所變為善惡法，使其發出善惡業，熏習自種子於第八識。
業種子的作用
業種子是以新熏業種子為感果的潛能，引生未來福與非福的名言種子，如就它能生自果方面，仍叫名言種子。
另一方面，業種子是能助無記性的名言種子，令起現行，無記性的名言種子，作用微弱，要幫助才可現行，故必須藉強烈善惡的業種子，為增上緣輔助，才能生起現行，如就它幫助名言種子生果來說，就叫業種子。
因此業種子不獨生起自己的現行，而且幫助其他無記的名言種子起現行，業種子本質是名言種子，離「名言種子」業種子並無自體，就它的殊勝增上作用，立「業種子」之名。
第六識思心所種子有二相
無受盡相
思心所種子能生自果，善思種生善思種，惡思種生惡思種，如此仍是名為「名言種子」，體恆隨轉，新種遇緣，又生現行，生果無窮是為「無受盡相」。
有受盡相
有強烈的善惡性，能助嬴弱的無記名言種子生現行，感一次異熟果，後不再感果名「業種子」是為「有受盡相」。
無漏種子
無漏種子有純善淨智的功能，無始時來依附在賴耶自體分上，與賴耶雜染性相違，能對治有漏煩惱功能並不是阿賴耶識的所緣境。
在見道位前，無漏法種子處於隱伏狀態下，自類相續，至聽聞、接觸正法，由聞思修熏習力熏生有漏善種子作為增上緣，使隱藏的無漏種子增強動力而展轉增盛，這熏習過程是熏長活動，引發「無漏正智」現行，乃至三乘聖者所有清淨色心活動。
無漏種子有三種，敍述如下：「生空無漏種子」，能生三乘道無漏法之種，「法空無漏種子」和「俱空無漏種子」都能生菩薩及佛果無漏法的種子。三種種子都有智種與識種之別。在有漏位，識強智弱，在識聚中，以識為主，智是相應法之一。在無漏位中，智強識弱，在智聚中，正智是主，淨識及餘淨心所則為其相應法。
熏習的意思
熏是激發的意思，習是數數屢次，多次的意思，前七識聚心，心所生起現行時，其勢用強盛於生起的剎那間，將其不斷餘勢植於第八識自體分中，形成新的種子，就叫「熏生」，使「本有種子」受剌激而增長力量，名為「熏長」而整個以上過程包括「熏生」「熏長」就叫「熏習」。
種子與現行之因果關係有兩種如下
同時因果（種子生現行果）
種子生現行隱藏於第八識中的種子，緣不具時衹是前滅後生自類相續，若遇眾緣具備時，便顯現為八識和現象界事物，現行八識與諸法才生即滅，剎那間熏其自種子於第八識而成新種子。種子與現行諸法只是一體上隱顯狀態因果同時。「舊種」、「現行」、「新種」三法展轉，相依相資，或為因緣，或為增上緣，形成森羅萬象。
異時因果（種子生種子）
一切種子無始時來隱藏於第八識中，未有適合條件時，前剎那種子生後剎種子，前滅後生，相似相續，如是前滅後生，因果異時，自類相續等流。
無著論師於《攝大乘論》立新熏四義為堅住性、無記性、可熏性和與能熏共和合性，解釋如下。
堅住性
堅住是始終一類，相續不斷的意思，前七轉識有轉變故不能攝持種子，故不能為所熏，第八識從無始以來，至被對治之前唯一類無覆無記，恆轉如流，前後相續，故可為所熏。
無記性
此性否定「善性」及「染污性」之法，是所熏的，因「善性」、「染污性」，強烈互不相容，不能受熏。第八識是無覆無記，於善染法皆不違拒，能容習氣，故為所熏。但第八識轉依後因純善故，不能受熏。
可熏性
可熏是體性虛疏不實，能有容受，此不包括第八識相應五徧行心所和真如，心所之行相局於一邊，作意則警心，思則造作，局此礙彼，非虛疏不能受熏，真如體性恆常不變非不實亦不受熏，第八識心王體性虛疏不實，能有容受，故為所熏。
與能熏共和合性
所熏與能熏必須同時同處，不即不離，此剔除自識前後剎那和他身之識，如不同時，不同處便無關係，不可叫和合，若是此即是彼，不是和合，二物相離亦並非和合。
具有以上四義的唯因位（未成佛）同身，同剎那的第八識心王，因受熏習的是八識體上之屬性，所以心王的自體分始是受熏之處，如將四分攝而為二，其相分是所熏之處。
《成唯識論》立能熏四義，若法全具下列四義方可為能熏。
有生滅
有生滅變化方有作用，有作用才能熏生新種或熏舊種令其增長，此否定無為法為能熏，因前後不變，無生長用，所以無為法非能熏。
有勝用
有生滅之法再有勝用，才可熏種，勝用有「能緣勝用」及「強盛勝用」兩種意義。
能緣勝用
能緣勝用就是心，心所見分之取境作用，這否定了色法，因色法是第八識的本質種子和前五識相分種子所生之現行兩種，種子現行皆要挾帶迫附或變帶仗託以俱生或俱起，都是無能緣勝用。
強盛勝用
强盛勝用就是善及染污性，此否定了第八識和前六識中極微劣無記心，心所，這些心，心所雖有能緣用，不能熏；色法有強盛勝用而不能緣慮。極劣無記心、心所有能緣勝用，但無強盛勝用，故都不是能熏。
有增滅
有生滅有勝用之法又須高下不定，可增可減者方能熏種，此否定佛果是能熏如佛果四智心品等等。因四智心品是成佛後的八識，既是圓滿善法，無高下增減，所以不能熏。
與所熏共和合性
能熏須與所熏同時同處和合相應始是能熏。
結論
八識生起時，變作無數相分和見分，由無始以來的自我我執熏習而成，形成勢用強烈的自我差別，眾生不由自主地將內識的幻象以為是外境，其實宇宙一切只是眾生自己的阿賴耶識攝持的種子所幻化轉變而產生，並非真實存在，所謂「唯識無外境」。
唯識學以阿賴耶識攝持諸法種子，種子的功用得以保存，用種子熏習熏生等學說去解釋「賴耶緣起」，對於眾生認知、知識、經驗，性格氣質等等乃至多世輪迴中累世修行熏習，到善根成熟轉依成聖，各各都可合理解釋通達。
眾生作業感果存在種子中，借阿賴耶識攝持而可以保留不失，因果理論可以建立，唯識學用這套理論建構賴耶緣起的說法，雖然種子理論好像是有一實體名種子，但它只是依托賴耶緣起而得以保存，而緣起是「此有故彼有，此生故彼生，此無故彼無，此滅故彼滅」，亦即是種子學說也是建基在緣起性空的道理上的，而不應執著有一實體為種子。